Med obema državama se je doslej najbolj iskrilo glede meje v Piranskem zalivu oziroma pri dostopu Slovenije do odprtega morja. Slovenija je z načelom uti possidetis zagovarja, da je bil na presečni datum 25. junija 1991 Piranski zaliv v celoti slovenski, saj so slovenski organi oblasti izvajali jurisdikcijo v celotnem zalivu, in ker se državi nista dogovorili drugače, je v skladu s tem načelom upravičena do celotnega zaliva. Slovenija je prav tako vseskozi zatrjevala, da je imela ob razpadu skupne države teritorialni izhod na odprto morje, ki se v skladu z razmejitvijo med SFRJ in Italijo začne južno od točke T5. Hrvaška je temu v zgodovini reševanja vprašanja meje vseskozi oporekala.
Po inovativnem predlogu, ki sta ga leta 2001 sklenila Janez Drnovšek in Ivica Račan, bi Slovenija dobila štiri petine Piranskega zaliva in stik z odprtim morjem. Hrvaška, ki je tudi od tega predloga odstopila, rešitev vidi le v polovični razdelitvi zaliva. Slovenija pa v tem primeru ne dobi stika z odprtim morjem.
Arbitražni sporazum sicer sodišču nalaga, naj poleg meje med Slovenijo in Hrvaško, določi še stik Slovenije z odprtim morjem in režim za uporabo ustreznih morskih območji.
Zapleti tudi od morja navzgor ...
Od izliva Dragonje v morje do hribovja, kjer se začenja katastrska občina Kaštel, se levo od reke razteza 200 metrov širok pas s trijemi zaselki - Škodelin, Bužini in Mlini-Škrilje. Gospodinjstva med njimi tudi hiša Joška Jorasa pa so povezana s slovensko infrastrukturo, prebivalci pa so nosilci pravic in obveznosti zavarovanj v Sloveniji.
Slovenija meni, da je celotno območje slovensko, saj da je za to območje pred 25. junijem 1991 vodila kataster in zemljiško knjigo, kar je Hrvaška za to območje vzpostavila kasneje. Hrvaška na drugi strani meni, da meja poteka po reki Dragonji. Nekaj časa je celo zahtevala mejo po stari strugi reke sredi Sečoveljskih solin.
Meja ob Muri, ki se je ne da ukrotiti
Mura je načeloma vedno predstavlja naravno mejo med Slovenijo in Hrvaško, tako je bila med 1820 in 1869 po tej naravni meji določena tudi katastrska meja. A Mura je nato še večkrat spremenila svoj tok, v prvi polovici 20. stoletja pa je bila tudi regulirana. Ker pa vsem tem spremembam reke, niso sledile spremembe katastrskih meja, je začelo prihajati do zapletov. Uradno slovenska območja so se ponekod preselile na desno stran, hrvaško stran, Mure in obratno.
Do zaostritev je prihajalo, ko so na levem bregu Mure Hrvatje nalagali gramoz.
Še posebej pa se je omenjen sistem zapletel v primeru naselja Brezovec oziroma Mirišča, saj je to ozemlje vpisano v hrvaški kataster, a je pripadnost naselja Sloveniji izkazana vse, odkar je po regulaciji Mure naselje ostalo na levi strani reke. Prebivalci imajo slovenske dokumente, v Sloveniji registrirane avtomobile in nenazadnje tudi volijo v Sloveniji.
Vojaška postojanka, ki buri duhove
V Beli krajini so se v javnosti kopija najbolj ostrila na treh obmejnih točkah. Najbolj izpostavljen je Trdinov vrh oziroma hrvaška Sveta Gera - s 1178 metri nadmorske višine ena najvišjih vzpetin v Gorjancih. Na vrhu sta telekomunikacijski stolp ter vojaški objekt pod nadzorom slovenske vojske, za katerega Hrvaška trdi, da ga je Slovenija okupirala. Na arbitražnem sodišču so hrvaški predstavniki celo zahtevali, da naj Slovenija nemudoma preneha z nadzorom omenjenega območja.
V bližini se zna zaplesti tudi v katastrski občini Sekuliči, kjer leži tudi vas Draga. Slovenija pripadnost ozemlja utemeljuje z zgodovino in kulturo območja, ki je vedno gravitiralo na območja Slovenije. Hrvaška pa se opira na zemljiško knjigo, kjer katastrska občina Sekulići ni bila nikoli razdeljena oziroma slovenski del ni bil nikoli oddvojen.
Na območju Brezovice pri Metliki ob neposredni meji pa je kataster dobesedno razdrobljen, za del območja pa se vodi tudi dvojna evidenca oz. evidence sploh ni.
Hrvati sekali na področju Snežnika ...
Meja pod Snežnikom je le načelno sporna na sedmih gozdnih parcelah v Leskovi dolini. Slovenija namreč zatrjuje, da gre za parcele, ki so nesporno na slovenskem ozemlju. Območje je bilo v Avstro-Ogrski del Ogrske in del hrvaške katastrske občine Prezid, z rapalsko pogodbo pa je bilo preneseno v katastrsko občino Snežnik, ki leži danes v Sloveniji. Vzhodne meje katastrske občine Snežnik se po tem niso več spreminjale.
A po letu 1950 so na teh parcelah gospodarila tudi različna hrvaška ozemlja in enkrat ali dvakrat na leto seka iglavce. Sečnjo so ustavili po letu 1993. Hrvaška namreč zagovarja stališče, da so bile parcele nezakonito odvzete z rapalsko pogodbo. Od takrat naprej pa administrativno niso več pripadale Hrvaški.
Te parcele so sicer vpisane tako v slovenskih kot hrvaških zemljiških knjigah.
