Institutu Jožef Stefan je v omenjenem obdobju med drugim nepravilno določil osnovno plačo in dodatke, uslužbenci pa so napredovali in bili premeščeni v nasprotju z zakonom o sistemu plač v javnem sektorju in kolektivno pogodbo.

Institut je javnim uslužbencem izplačal najmanj za 27.421 evrov previsoke in za 3023 evrov prenizke plače. V nasprotju z zakonodajo pa je javnim uslužbencem tudi plačal premije prostovoljnega dodatnega pokojninskega zavarovanja v znesku 456.057 evrov, kolektivnega nezgodnega zavarovanja v znesku 17.979 evrov in osebnih zavarovanj v znesku 19.022 evrov.

Prav tako so na institutu z javnimi uslužbenci sklepali pogodbe za določen čas, kar je v nasprotju z zakonom o raziskovalni in razvojni dejavnosti.

Kot so v mnenju zapisali na računskem sodišču, institut med revizijskim postopkom ni odpravil vseh ugotovljenih nepravilnosti. Računsko sodišče zato zahteva predložitev odzivnega poročila, v katerem mora inštitut izkazati ukrepe za odpravo nepravilnosti.

Na institutu po objavi poročila poudarjajo, da se to nanaša na poslovanje v letu 2009 in da so že v tistem času odpravili večino očitanih kršitev. "V nekem delu pa računsko sodišče na žalost ni upoštevalo vseh naših pojasnil in dokazil," so še zapisali.