Tomaž Kržišnik je študiral na Višji pedagoški šoli v Ljubljani in med letoma 1964 in 1968 na Likovni akademiji v Varšavi, kjer je opravil magisterij iz ilustracije. Od leta 1988 je predaval na Oddelku za vizualne komunikacije ljubljanske Akademije za likovno umetnost, kjer je bil med letoma 2002 in 2008 redni profesor.

Ukvarjal se je z grafičnim oblikovanjem, grafiko, risbo, slikarstvom, keramiko, steklom, oblikovanjem lutk, scenografijo ter likovno opremo v arhitekturi. Svoje delo je predstavil na več kot 60 samostojnih razstavah in številnih skupinskih razstavah, tudi mednarodnih, piše na spletni strani Obrazi slovenskih pokrajin.

Leta 2019 so ob 76. letnici rojstva žirovskega umetnika v Kulturnem centru Stare Žiri odprli pregledno razstavo njegovih del in dokumentarnega gradiva. Kot je tedaj zapisal kustos Boštjan Soklič, je Kržišnik umetnik, ki se poslužuje tradicionalnih likovnih medijev, vendar jih uporablja na samosvoj, velikokrat duhovit način. "Skorajda ni likovnega področja, v katerem mojster ne bi izrazil svojega umetniškega jaza polnokrvno in prepričljivo," je zapisal. Kržišnika je označil kot "izvrstnega domišljijskega inovatorja, ki vsak (na videz morda zanemarljiv in nepomemben) fragment likovnega dela izpostavi in ga naredi vidnega".

Ob retrospektivni razstavi v Mestni galeriji v Ljubljani leta 1994 je izšla slikarjeva monografija izpod peresa Staneta Bernika z naslovom Tomaž Kržišnik, Izrisane podobe sveta in oblik.

Med drugim je prejel nagrado Prešernovega sklada za likovno podobo predstavitve Zlata ptica (1975), odkupno nagrado mednarodne žirije na ljubljanskem mednarodnem grafičnem bienalu (1983) in Plečnikovo nagrado leta 1989. Leta 2013 je prejel Groharjevo nagrado za življenjsko delo, ki jo podeljuje Združenje umetnikov Škofja Loka.

Udeležil se je mnogih mednarodnih slikarskih kolonij in se izpopolnjeval na številnih študijskih potovanjih, kjer so nastajali njegovi cikli risb in pastelov. Sodeloval ali vodil je vrsto študentskih delavnic, v Grožnjanu, na Sinjem vrhu, v Kaverljagu, ter v okviru programa CEEPUS vodil seminarje v študijskem programu likovnih akademij v Budimpešti, Krakovu in Bratislavi.