Po starših je bil Paternu Gorenjec, navaja spletni biografski leksikon Obrazi slovenskih pokrajin. Oče je bil rojen na Kuplenku nad Bledom, mati pa v Mostah pri Žirovnici in je iz Čopovega rodu. Kot uradnik je oče služboval v različnih slovenskih krajih, tako da se Boris Paternu v Predgradu blizu Črnomlja rodil po naključju. Leta 1941, ko je bil star 15 let, se je s starši preselil v Kranj. Tu je preživel najbolj burna, celo nora in hudomušna mladostna doživetja, zato je bil s tem mestom nekako čustveno povezan. V Kranju je leta 1999 organiziral odmevni mednarodni simpozij o Francetu Prešernu, ki ga je v celoti financirala kranjska občina. Bil pa je tudi v uredništvu Kranjskega zbornika. Od leta 2006 naprej je bil prof. dr. Paternu tudi častni občan Mestne občine Kranj.

Kot gimnazijec je deloval v NOB. Maturiral je leta 1946 na gimnaziji v Kranju. Leta 1951 je diplomiral na oddelku za slavistiko ljubljanske filozofske fakultete. Kot asistent je leta 1960 doktoriral iz literarnih znanosti, opravil habilitacijo, postal docent, leta 1966 izredni in leta 1972 še redni profesor za zgodovino slovenske književnosti. Na Filozofski fakulteti je predaval od leta 1961. Upokojil se je leta 1994, ko mu je univerza podelila naziv zaslužnega profesorja, leta 1996 je postal tudi ambasador Republike Slovenije v znanosti. Univerza na Primorskem ga je 2008. leta imenovala za častnega doktorja. S predavanji je gostoval na 13 tujih univerzah, največkrat v Celovcu in Trstu. Leta 1979 je bil izvoljen za dopisnega, leta 1985 pa za rednega člana SAZU.

Opravljal je številne strokovno-organizacijske naloge, med drugim je od leta 1978 organiziral simpozije Obdobja v slovenskem jeziku, književnosti in kulturi. Bil je tudi sourednik Slavistične revije, član glavnega uredniškega odbora Enciklopedije Slovenija, urednik Obdobij ter član uredniškega odbora nove izdaje Brižinskih spomenikov.

Najprej se je ukvarjal s pripovedništvom 19. stoletja in začetki literarne kritike. Bil je organizator skupinskega dela Slovenska književnost 1945-1965 I, II s Francem Zadravcem, Matjažem Kmeclom, Helgo Glušič in Jožetom Koruzo. Realiziral je večletni projekt raziskav s študenti Slovensko pesništvo upora 1941-1945 v štirih knjigah. Del besedil je izšel v prevodih tudi v Nemčiji, Franciji in Italiji.

Temeljno problemsko pozornost je usmerjal k nastajanju literature kot osamosvajajoče se umetnosti, z estetsko funkcijo kot bistveno, v posebnih, močno zavrtih pogojih družbene in duhovne zgodovine Slovencev.

V svojih razpravah je obravnaval smeri in sloge slovenske književnosti od reformacije do sodobnosti. Veliko se je ukvarjal s poezijo Franceta Prešerna. Njegov prevod monografije France Prešeren: poeta sloveno 1800-1849 iz leta 1999 je poskrbel za večjo prepoznavnost Prešerna v Italiji.

Razprave in študije je objavljal v strokovnih glasilih po številnih evropskih državah, v Rusiji, ZDA in Avstraliji.