Al Jazeera od svojih začetkov leta 1996 velja za precej neodvisno televizijsko mrežo, ki je do neke mere odražala poglede svojih katarskih lastnikov. Odigrala je pomembno vlogo v pokrivanju dogajanja na Bližnjem Vzhodu.
Ameriške depeše, objavljene na strani WikiLeaks, razkrivajo stike mreže s katarsko in drugimi vladami. V depeši iz oktobra 2005 so zapisane podrobnosti sestanka vodilnega moža Al Jazeere Wadaha Khanfarja in uslužbenca ameriškega veleposlaništva. Američani so Khanfarju izročili trimesečno analizo poročanja Al Jazeere o iraški vojni. Khanfar je ob tem dejal, da mu je podatke za dva meseca že posredovalo katarsko zunanje ministrstvo. Na zapiske naj bi se sam odzval pisno.
Američane je prosil, naj njegovo sodelovanje z njimi ostane skrivnost. Ti so mu v podpis ponudili "sporazum" med ZDA in Al Jazeero. "Dogovorjeno je bilo, da ne bo pisno," je odvrnil Khanfar. "Kot medijska organizacija ne moremo podpisati tovrstnih dogovorov. To, da je tukaj v pisni obliki, nas skrbi."
Med vojno v Iraku so Američani večkrat kritizirali Al Jazeero, da podžiga protiameriška čustva, kar naj bi Khanfar na sestanku odločno zanikal. Po njegovih besedah se je Al Jazeera trudila biti nepristranska. Med pogovorom je Khanfar večkrat dejal, da je na ameriško željo spremenil poročanje o vojni. Med drugim naj bi s spletne strani umaknil več fotografij, ki so bile za ameriško stran sporne.
Khanfar je bil na položaju direktorja osem let. Razlogov za torkov odstop ni podal, na Twitterju je zapisal le, da ga zabavajo vse govorice o vzrokih za njegovo odpoved. Nasledil ga je šejk Ahmad bin Jasem bin Muhammad Al-Thani, poslovnež in član kraljeve družine.
