Začelo se je z ministrico za lokalno samoupravo in regionalno politiko Zlato Ploštajner. Zaradi osebnih in zdravstvenih razlogov je odstopila 12. oktobra lani. Nadomestil jo je Henrik Gjerkeš.
Karl Erjavec, ki je v tem mandatu vodil okoljski resor, je drugi minister te vlade, ki je odstopil. Razrešitev je državnemu zboru predlagal Pahor sam, vendar pa je Erjavec še pred glasovanjem poslancev 25. januarja odstopil. S tem je končal hudo vladno krizo, ki se je začela že decembra, ko je skupina tožilcev za pregon organiziranega kriminala zoper njega vložila obtožni predlog v aferi patria. Pika na i je bilo poročilo računskega sodišča o smotrnosti ravnanja z ločeno zbranimi komunalnimi odpadki, za njegovo razrešitev pa si je predvsem prizadevala LDS. Zamenjal ga je Roko Žarnić, prav tako iz kvote DeSUS-a.
Kmetijski minister Milan Pogačnik je odstopil 10. marca. Številne pozive k odstopu je doživel ob aferi bulmastifi zaradi domnevnih nepravilnosti pri vračanju psov lastniku Saši Baričeviču. Kriminalisti so ga pridržali tudi zaradi suma korupcije, potem ko se je ujel v policijske prisluhe, iz katerih je razvidno, da se je s prvakom SNS Zmagom Jelinčičem dogovarjal za posredovanje pri urejanju zemljišča za vojaški muzej v Murski Soboti v zameno za glasove podpore pri napovedani interpelaciji. Pogačnika je po dvomesečnem iskanju Pahor zamenjal z Dejanom Židanom.
"Predsedniku vlade sem povedal, da potrebuje ministre, ki zmorejo delati 12 ur dnevno, jaz pa tega ne zmorem več," je lani jeseni po okrevanju v bolnišnici povedal Borut Miklavčič. S Pahorjem se je dogovoril, da bo funkcijo opravljal s polovičnim delovnim časom do novega leta. V tem času je doživel pretrese zaradi pogodbe o nakupu cepiva proti novi gripi, predvsem zaradi odgovornosti države, ki bi v primeru tožb zaradi stranskih učinkov uporabe cepiva nosila skoraj vse stroške, ter poskusa reformiranja zdravniške zbornice. Po večkratni hospitalizaciji ga je aprila nadomestil nekdanji sekretar na ministrstvu Dorjan Marušič.
Prejšnji četrtek je "zaradi različnih pogledov, ki jih imata z ministrom Gregorjem Golobičem" odstopil minister Matej Lahovnik. V pismu Pahorju je med drugim opozoril na konflikt interesov v primeru javnih razpisov v njegovem resorju, na katere se je prijavljalo tudi podjetje Ultra, katerega posredni solastnik je Golobič. Najverjetneje bo dobil žensko naslednico, kandidatko Zaresa Darjo Radić.
