Uradni razlog za napad Nata je bila kriza na Kosovu, ki je predstavljala "izziv vrednotam demokracije, človekovih pravic in vladavine zakona, za katere se Nato zavzema že od svoje ustanovitve". Trenutno sicer potekajo prizadevanja, da bi zveza Nato prevzela tudi napade na Libijo.

Slovenija leta 1999 sicer še ni bila članica Nata; to je postala leta 2004. Vseeno smo takrat Natovim letalom – v napadih jih je sodelovalo več kot tisoč – dovolili prelet našega zračnega prostora.

Zakonite osnove ni bilo
Za razliko od napada na Libijo napad na Jugoslavijo ni imel opore v resoluciji Varnostnega sveta ZN, kar je kritiziral tudi takratni generalni sekretar organizacije Kofi Annan. Povod je bil podoben kot v tokratni vojni; v obeh primerih je razlog za poseg v sicer notranje zadeve države humanitarni. Takratni predsednik Jugoslavije Slobodan Milošević je po napadih Osvobodilne vojske Kosova v tej takrat jugoslovanski pokrajini z večinsko muslimanskim prebivalstvom začel etnično čiščenje.

Številne napake in civilne žrtve
V sami vojni je poleg nekaj manj kot 500 srbskih vojakov umrlo tudi podobno število civilistov. Neposrednih žrtev posredovanja na strani Nata ni bilo. Viri iz Srbije sicer navajajo, da je Natov poseg zahteval več kot 1.200 civilnih žrtev. Več napak, v katerih so množično umirali tako srbski kot kosovski civilisti, je Nato priznal. Nekaj žrtev je bilo celo med Kitajci, saj so Natove bombe zadele njihovo veleposlaništvo v Srbiji. Veliko protestov je dvignilo tudi bombardiranje sedeža srbske državne televizije.

Posledica: odcepitev Kosova
Šele 10. junija je Miloševićev režim popustil pritiskom in dopustil, da Kosovo postane protektorat ZN, na katerem za varnost skrbi Natova misija KFOR, ki je v državi še danes. Leta 2008 je Kosovo razglasilo neodvisnost, še vedno pa Kosova niso priznale niti vse članice EU. Priznanje mu odrekajo Ciper, Grčija, Romunija, Slovaška in Španija. Lani je Meddržavno sodišče v Haagu presodilo, da odcepitev ni kršila mednarodnega prava.