V prvi startni vrsti bosta poleg Doviciosa dirko začela še njegov rojak Valentino Rossi (Yamaha), ki je bil drugi, in Španec Dani Pedrosa (Honda), ki je bil tretji.

Medtem ko si je Dovizioso privozil drugi najboljši startni položaj kariere, pa bo vodilni v skupnem seštevku prvenstva Marc Marquez startal iz druge vrste, potem ko je dosegel četrti čas kvalifikacij. Marquez, ki je imel v kvalifikacijah tehnične težave, bi si sicer z zmago v Motegiju predčasno zagotovil naslov svetovnega prvaka.

Dovizioso je s časom 1:44,502 minute dosegel nov rekord kvalifikacij na dirkališču v Motegiju, Ducatiju pa je privozil prvi pole position v zadnjih štirih letih, potem ko je bil v kvalifikacijah dirke za VN v Valencii leta 2010 najhitrejši Avstralec Casey Stoner.

V razredu moto2 je kvalifikacije dobil vodilni v skupnem seštevku Španec Esteve Rabat (Kalex) pred Švicarjem Thomasom Luthijem (Suter) ter Francozom Johannom Zarcom (Caterham Suter). V razredu moto3 je bil v kvalifikacijah najhitrejši Britanec Danny Kent (Husqvarna) pred Italijanom Niccolo Antonellijem (KTM) in Britancem Johnom McPheejem (Honda).