Skriva namreč družinsko skrivnost. Njegov oče Jeffrey LaBeouf je bil namreč med letoma 1981 in 1983 zaradi posilstva, ugrabitve in povzročitve telesnih poškodb v ječi. Shia se je rodil tri leta po njegovi izpustitvi, a zdaj 66-letni Jeffrey se od bivanja v zaporu ni veliko naučil. Kar je na lastni koži večkrat občutil tudi mladi zvezdnik. Oče ga je namreč pretepal, enkrat pa naj bi mu celo grozil s pištolo.