Sojenje se je začelo z uvodnim govorom tožilke Christine Dahl, ki je poudarila obtožbe glede etničnega čiščenja na Hrvaškem in v BiH. Obtožnica v 14 točkah  namreč Vojislava Šešlja bremeni sodelovanja pri skupinskih zločinskih dejavnostih v obdobju med letoma 1991 in 1995, katerih namen je bila trajna razselitev nesrbskih prebivalcev z večjih območij na Hrvaškem in v BiH, ki bi bila nato priključena novi srbski državi. Šešelj je obtožen za zločine proti človečnosti – vključno s pregonom, umori, protizakonitim zapiranjem ljudi, mučenji in deportacijami – kot tudi kršitve zakonov in pravil vojskovanja.

Tožilka je še povedala, da je Šešelj znova in znova zahteval osvoboditev "srbskega ozemlja", čeprav so na njem živeli tudi drugi narodi. S tem mu ni uspelo ustvariti "velike Srbije", pač pa manjšo Srbijo in svetu pokazati, kaj je etnično čiščenje.

Vodja Srbske radikalne stranke zanika vse obtožbe in vztraja, da bo tako kot pred njim Slobodan Milošević sam vodil svojo obrambo: "Obtožen sem hladnokrvnih zločinov, ki naj bi jih zagrešil prek svojih sovražnih govorov, ko sem širil svojo nacionalistično ideologijo, na katero sem zelo ponosen. Razen tega, kar sem rekel ali zapisal, v omenjene zločine nisem vpleten." 53-letni bosanski Srb naj bi na sodišču deloval sproščeno. Sproti si je delal zapiske in se glasno smejal, ko je tožilstvo predvajalo posnetke, ko na čelu zbrane množice vzklika: "Srbija! Srbija!".

Prvo zaslišanje v okviru procesa je bilo konec novembra lani, zaradi Šešljeve gladovne stavke pa so postopek decembra lani prekinili in privolili v ponovitev začetka sojenja.

Šešelj je bil v 90. letih eden od vodilnih srbskih politikov, haaškemu sodišču pa se je predal februarja 2003. Odtlej je v priporu haaškega sodišča v Scheveningnu in je poleg nekdanjega jugoslovanskega predsednika Slobodana Miloševića eden od redkih obtožencev, ki mu niso dovolili, da bi bil do začetka sojenja na prostosti.