Hrvaško državno tožilstvo naj bi ga sumilo združevanja z namenom izvajanja kaznivih dejanj in zlorabe položaja. Vrnitev na politični parket mu je prinesla zaščito v obliki poslanske imunitete. Te od danes nima več.

Afera Fimi-media
Nekdanji premier naj bi bil na čelu hobotnice, ki naj bi skrbela za odtekanje denarja iz državnih podjetij in ministrstev preko podjetja Fimi-media. V tem primeru naj bi bilo do zdaj 13 osumljenih, tudi vidni član HDZ-ja in nekdanji direktor carine Mladen Baršić.

Afera HEP (Hrvaško elektrogospodarstvo)
S hrvaško elektroenergetsko družbo HEP naj bi bile povezane številne nepravilnosti. Prihajalo naj bi do preprodaje električne energije, dogovarjanja o prevzemanju poslov, podkupovanja, nezakonitega popusta za prodajo elektrike, fiktivnega zaposlovanja – vse to po naročilu Sanaderja, piše hrvaški portal index.hr.

HEP naj bi tudi nezakonito kreditiral podjetje Doki. Njegov lastnik je Sanaderjev prijatelj Robert Ježić, ki so ga danes aretirali v Zagrebu.

Afera HAC (Hrvaške avtoceste)
Sanader se omenja tudi v zvezi s to afero. Tudi tu gre za sumljive denarne tokove. Iz HAC-a naj bi se državni denar stekal na račun podjetja Skladgradnje, ki naj bi tako imela podobno funkcijo kot Fimi-media.

Afera Črni fondi
Črni fondi so tabu tema hrvaške politike. Nekdaj Sanaderjeva stranka HDZ naj bi se preko teh fondov financirala večji del svojega obstoja. Sanader naj bi s tem denarjem kupoval koalicijske partnerje, novinarje in urednike, še piše index.hr.

Afera Hypo Banka
Sanaderja v povezavi so to afero obtožujejo, da je v zameno za odobritev kredita enemu od hrvaških tajkunov dobil visoko provizijo. Znašala naj bi več sto tisoč evrov.