Če gre verjeti trditvam Ali Agce, je atentat na papeža naročil vodja iranske islamske revolucije, ajatolah Homeini. Agca, ki je pred več kot tridesetimi leti hotel končati življenje papeža, nikoli doslej ni razkril podrobnosti, med preiskavo pa je ves čas spreminjal svojo zgodbo. Obsodili so ga na doživljenjski zapor, a so ga kasneje pomilostili na željo svoje žrtve, papeža Janeza Pavla II.

Vatikan je njegovo trditev, da je umor naročil ajatolah Homeini označil za "neresnico" in "bogokletno". Tiskovni predstavnik Svetega sedeža, oče Federico Lombardi, je ob tem povedal: "Nova resnica, ali bolje, nove laži Agce." Podobno se je odzval tudi predstavnik iranskega veleposlaništva, ki je dejal, da je knjiga "nesprejemljiva in globoko žaljiva za iranski narod. V njej so obrekovanja, težke in neutemeljene obtožbe".

Janeza Pavel vedel za to?

V knjigi Agca med drugim pripoveduje, kako je prišel v Iran po begu iz turškega zapora, kjer je prestajal kazen zaradi umora nekega novinarja. Vrhovni vodja iranske revolucije, ajatolah Homeini, naj bi mu v Turčiji dal nalogo, da mora ubiti papeža. V knjigi, ki nosi naslov "Obljubili so mi raj. Moje življenje in resnica o atentatu na papeža" je Agca opisal tudi pogovore s papežem, ki ga je decembra 1983 obiskal v zaporu in mu oprostil poskus umora. Že takrat naj bi papežu povedal, da so atentat naročili Iranci, Janeza Pavel pa mu je rekel, naj prevzame krščansko vero, ter dodal, da odpušča "tako njemu kot njim".

Oče Lombardi je tudi te navedbe zanikal. "Prepričan sem, da nikoli nista govorila o ajatolahu Homeiniju, prav tako ga papež ni prosil, da prevzame krščansko vero." Lombardi je ob tem prepričan, da je založba Chiarelettere knjigo izdala zgolj zato, ker pričakuje, da bo prinesla velik uspeh, tako kot knjiga Gianluigija Nuzzija Njegova svetost, ki govori o papeževih tajnih dokumentih.