V zapuščeni stavbi, kamor se je muzej nameraval širiti, so arheologi našli mesto, na katerem so sodili Jezusu Kristusu. Po petnajstih letih raziskovanja so znanstveniki ugotovili, da so odkrili zgradbo, ki jo je dal zgraditi kralj Herod. V njej je bil zapor in sodišče za ljudi, ki niso bili povšeči rimski oblasti. V zgradbi je prebival tudi Poncij Pilat, h katerem so pripeljali Jezusa, rekoč, naj ga obsodi. 

"Zapor je le del sestavljanke starega Jeruzalema in prikazuje zgodovino mesta ne edinstven in jasen način,“ je dejal Amit Re'em, izraelski arheolog, ki je vodil izkopavanja. Zgradbo so oblasti koristile kot zapor tudi v času križarskih vojn in turških osvajanj. V muzeju so ta prostor nameravali uporabiti kot predavalnico, po vseh odkritjih pa ga bodo uredili kot turistični kraj.

"Še naprej bomo urejali prostor. To je kot torta, pokazal bo na vse plasti zgodovine mesta,“ pravijo v muzeju. Verjamejo, da bo to postal kraj molitve in čaščenja, tako kot Golgota, kjer je bil Jezus križan.