Sodišče ga je organiziranja pobojev in zlorabe položaja obtožilo v njegovi odsotnosti, poleg njega pa naj bi položaj zlorabil tudi nekdanji notranji minister Moldomus Kongantijev, ki ga je policija že aretirala.

Za kazen so ga pretepli
Kongantijev je kot prvi mož policije ukazal zatrtje protestov, pri čemer je policija na protestnike streljala z gumijastimi naboji in uporabljala solzivec. Kasneje so ga podporniki opozicije brutalno pretepli.

Zaradi ukaza umrlo 85 ljudi
Bakijev je obtožen zaradi smrti 85 ljudi v protivladnih protestih v noči s 6. na 7. april, ko je kot predsednik vojski ukazal, naj strelja na protestnike ter jih s tem poskuša razgnati. Ko njegov načrt ni uspel, je pobegnil iz države. Trenutno naj bi bil v Belorusiji.

Belorusija ga mora predati
Podpredsednik kirgizistanske začasne vlade Azimbek Beknazarov je dejal, da bodo Bakijevu odvzeli predsedniško imuniteto. Belorusija mora Bakijeva predati na podlagi sporazuma o medsebojnem izročanju, s tem pa se bo lahko začelo tudi sojenje.

Belorusija se na te navedbe še ni odzvala, je pa njihov avtoritarni predsednik Aleksander Lukašenko v preteklih dneh kritiziral demonstracije, ki so privedle do strmoglavljenja Bakijeva.