Jan Močnik je svojo športno pot začel v Novi Gorici, nato pa se je preselil v Kraški Zidar iz Sežane. V tem klubu je ostal vse do začetka sezone 2006/2007, ko se je spet vrnil v Novo Gorico. Nato je sledil prestop v ljubljansko Union Olimpijo, kjer je osvojil naslova prvaka slovenske lige, igral pa je tudi v polfinalu Lige ABA. V Ljubljani je ostal zgolj eno sezono, potem pa je prestopil v poljski PGB Basket Poznan ter kasneje v Postojno.
"Jana dobro poznamo. Lani se je v decembru priključil ekipi in nam uspešno pomagal na mnogih tekmah. Njegove delovne navade so odlične, kar dokazuje na naših treningih že nekaj časa. Fant se dobro vklaplja v ekipo in verjamem, da nam bo s svojim znanjem lahko pomagal tudi letos. V klubu poskušamo stroške ekipe zadržati v okvirih dogovorjenega, lovimo tudi kvoto sedmih slovenskih igralcev, ki jih nujno potrebujemo za nastopanje v tekmovanjih pod okriljem KZS," je povedal Sašo Filipovski.
V sezoni 2009/2010 je igral v drugi italijanski ligi za Snaidero iz Vidma. V svoji reprezentančni karieri je bil Močnik član vseh mladinskih selekcij Slovenije. Blestel je predvsem na U20 evropskem prvenstvu v domači Novi Gorici, kjer je v povprečju za Slovenijo dosegal 9 točk in 5 podaj na tekmo. Pred sezono 2011/2012 se je že pripravljal z Unionom Olimpijo, v decembru 2011 pa je tudi podpisal pogodbo do konca sezone. V tej sezoni je Močnik dosegal v povprečju 7,4 točke in 2,8 podaje v Ligi ABA ter 5,8 točke in 2,3 podaje v Ligi Telemach. V Evroligi je odigral dve tekmi in v povprečju dosegal 7 točk in 3 podaje.