Zagovornik Šobe Jure Snoj je predlagal izločitev sodnice Dejane Fekonja, ker je sodila že Šuštarju. Sodnica je njegov predlog zavrnila, ker bo Šuštar v tem primeru vabljen kot priča. Šoba je nato nasprotoval temu, da bi ga zastopal Snoj, saj ni uspel s predlogom, da bi sojenje končali v eni obravnavi. Sodnica mu je odvrnila, da "tako po domače na sodišču ne delajo", in torej dogovora ne bo, ampak lahko skrajšajo postopek. Prav tako po njenih besedah člen v zakonu o kazenskem postopku, ki bi predvideval dogovor, da bi se zadeva prej zaključila, ne obstaja.

Obramba je podala ugovor tudi nad nekoliko spremenjeno obtožnico. Okrožna državna tožilka Jožica Boljte Brus je pojasnila, da je bila sprememba potrebna, saj je bil Šoba po odhodku v Kanado izločen iz sodnega postopka. Ob tem je dodala, da je Šoba zaradi tega "na boljšem", saj je tožilstvo zaradi zastaranja moralo umakniti obtožbo o kaznivem dejanju napeljevanja k zlorabi položaja in ponareditvi listin. Sodnica je odločila, da se spremenjeno obtožnico dopusti.

V obtožnici Šobi očitajo, da je sodeloval pri tem, da je ministrstvo za gospodarstvo na podlagi razpisov iz leta 1998 in 1999 podjetjem podeljevalo sredstva v zameno za to, da se del sredstev nato vrne Šobi in nekdanjemu državnemu sekretarju na ministrstvu za gospodarstvo Borisu Šuštarju. Kot je navedla Boljte Brusova, je Šoba na računalniku vodil evidenco prijavljenih družb na razpise, v datotekah pa naj bi imel tudi zapisano, koliko denarja bodo morali odstopiti. Del zneska, pridobljenega na razpisu, se je po navedbah iz obtožnice vračalo s pomočjo Šobovega podjetja GSP, ki je izdajalo fiktivne račune za nikoli opravljene storitve. Podjetje GSP je nato denar nakazovalo na Šuštarjev račun.

Šoba je dejal le, da so obtožbe v nasprotju z dejstvi, a se ni zagovarjal, zato se je začelo z branjem njegovih izpovedb iz prejšnjih postopkov. Na sojenju leta 2005 je navedbe zanikal, obtožbi pa je očital, da je neustavna.