Znani so novi podatki sledenja različicam virusa SARS-CoV-2, ki ga izvajajo na NLZOH v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko Pediatrične klinike UKC LJ in z Inštitutom za mikrobiologijo in imunologijo (IMI). Od začetka leta do 2. marca so pridobili 1636 sekvenc celotnih genomov, temu so dodali 55 sekvenc celotnega genoma, ki jih je v zbirko posredoval IMI.
"Razvidno je, da je še bolj kot v prejšnjem tednu prevladuje različica B.1.258.17, kar v 81,9 odstotkih. Medtem ko smo v prejšnjem tednu beležili 75,8-odstotno udeležbo te različice v celotni strukturi rezultatov. Na drugem mestu je različica B.1.258, na tretjem pa B.1.170, ki je evropska različica, ki ne poseduje posebnih mutacij," je povedala Tjaša Žohar Čretnik.
Največjo pozornost so namenili trem različicam virusa, in sicer angleški, južnoafriški in brazilski. "V Sloveniji smo do zdaj zabeležili 83 primerov angleške različice virusa, 33 smo jih potrdili v sodelovanju z UKC Ljubljana, 49 jih je potrdil IMI, en, ki ni naveden v tabeli, je belgijski primer, ki je bil potrjen v Belgiji," je pojasnila Žohar Čretnik.
"Lahko že govorimo o eksponentni rasti te različice, kar kažejo podatki obeh skupin, ki na tem področju trenutno delamo," je naraščanje števila primerov angleške različice po tednih komentirala Žohar Čretnik. V obalno-kraški regiji je bilo skupno potrjenih trinajst primerov, v podravski in jugovzhodni regiji po šest, pet pa še v savinjski regiji. "Obstaja velika verjetnost, da se bo število angleške različice v prihodnjem tednu podvojilo," je opozorila direktorica NLZOH.
Problematična mutacija E484K
Potrjena je bila prisotnost južnoafriške različice virusa, ki jo imenujejo tudi B.1.351. "Doslej imamo dva potrjena primera in enega v potrjevanju," je poudarila.
Na vprašanje, ali sta primera južnoafriške različice med seboj povezana, je Žohar Čretnik pojasnila: "Prvi laboratorijsko potrjen primer je bil primer iz Maribora. Inštitut je o potrjenem primeru poročal včeraj. Poročali so, da potnik nima v anamnezi podatka, da je bil v tujini, tako da ta dva primera nista povezana in po mojem vedenju je primer iz Maribora prvi ugotovljeni primer v Sloveniji."
Med drugimi različicami, ki nosijo kritične mutacije, je tudi različica B.1.525 oz. nigerijska različica. "Pri nas smo potrdili tri primere. En primer je bil iz mariborskega področja, en iz jugovzhodne Slovenije, eden iz Kranja. Medtem ko je v osrednjeslovenski regiji IMI potrdil štiri takšne primere. Kritično mutacijo na mestu 501 nosi tudi različica A27, ki jo je inštitut potrdil v 6 primerih."
O nigerijski različici – prvi primer je bil potrjen že v prejšnjem tednu, do zdaj pa jih je bilo potrjenih sedem – vemo, da si z južnoafriško različico deli mutacijo E484K. "Kar je mutacija, ki so jo Angleži dokazali pri angleški različici. Ko so primerjali angleško različico z in brez te mutacije, so ugotovili, da se različica s to mutacijo bolj učinkovito širi. Mutacija 484 je tista, ki jo posebej sledimo, ker je povezana z večjo prenosljivostjo virusa," je povedala Žohar Čretnik.
Najbolj pestro glede na zastopanost posameznih različic je podravsko področje, kjer večji delež predstavlja tudi različica B.1.1.70. Gre za evropsko linijo brez kritičnih mutacij.
Različica B.1.258.17 najbolj prevladuje v novomeškem področju, kjer je prisotna v 93 procentih primerov. »Kar je vredno omeniti, je, da štiri procente predstavlja angleška različica na koprskem področju in je obalno-kraška regija s tega vidika zelo obremenjena, ob tem pa seveda tudi osrednjeslovenska regija.«
Znani so tudi rezultati dodatnega presejanja vzorcev s pomočjo t.i. slovaškega testa. Skupno so pregledali 2454 vzorcev, dobili 79 pozitivnih rezultatov in jih od tega kot angleško različico potrdili 22. Kot druge različice se je izkazalo 25 vzorcev, imajo pa še 32 vzorcev v delu. Tudi s tem presejanjem nadaljujejo, da bi tako povečali kvoto vzorcev, ki so jih sposobni analizirati.
Po podatkih, ki jih je posredoval IMI, so letos pregledali 2310 vzorcev in v zadnji seriji pridobili 17 pozitivnih skupin vzorcev. Vsega skupaj je bilo potrjenih 49 angleških različic in ena južnoafriška. Za zdaj ni bila potrjena prisotnost brazilske različice.
Dodatno so presejali 577 vzorcev in dobili 55 pozitivnih na mutacijo na mestu N501Y in jih bodo sekvencirali v nadaljevanju. En vzorec je sumljiv na južnoafriško različico virusa.
Cilj povečati kapacitete
Žohar Čretnik je poudarila, da si nekatere različice mutacije delijo, zato skušajo slediti vsem mutacijam, ki bi lahko pomembno prispevale k uspešnosti cepljenja. "Nobena od teh mutacij ni specifična samo za eno genetsko različico, ampak so lahko prisotne pri več kot 50 različicah, zato je treba sistem sledenja zastaviti tako, da smo sposobni slediti tako genetskim različicam s polnim imenom kot posameznim mutacijam."
Za zdaj delež pregledanih vzorcev ostaja enak. "Začeli smo z 10 odstotki. V prejšnjem tednu smo povečali kvoto sekvenciranih vzorcev iz jugovzhodne Slovenije in obalno-kraškega področja na 30 odstotkov. Pri tem ostajamo. Inštitut s svojim načinom sledenja preseja 26 odstotkov vzorcev. Mi to kvoto tudi povečujemo s sledenjem s pomočjo slovaškega testa. V začetku smo iste vzorce analizirali z obema metodama, zdaj pa, ko vidimo, kako ta test funkcionira, to kvoto ločujemo, tako da bomo predvidoma prešli na teh 30 odstotkov za celotno Slovenijo v roku tedna do dveh. Procent prilagajmo epidemiološki situaciji. Pričakujemo da bomo čedalje hitrejši pri pridobivanju rezultatov in da bomo te kapacitete povečevali," je napovedala Žohar Čretnik.