Nekdanji zunanji minister Dimitrij Rupel je Samuela Žbogarja označil za arogantneža, za katerega bi bilo bolje, da se ne bi ukvarjal z zunanjo politiko. Rupel je v intervjuju za Reporter dejal, da je Žbogar nedavno vladnemu kolegu na vprašanje, kaj Rupel dela na zunanjem ministrstvu, odgovoril, da dela težave. Rupel je to izjavo označil za nespametno in neresnično, težave pa naj bi Slovencem v resnici povzročal Žbogar.

"Verjetno bi bilo najbolje, da se Žbogar ne bi ukvarjal niti z mano niti s slovensko niti z zunanjo politiko, saj je v relativno kratkem času naredil veliko napak," je dejal Rupel in kot "dve usodni" navedel dejstvo, da je Žbogar leta 2007 botroval objavi washingtonske depeše, nedavno pa podpisu slovensko-hrvaškega arbitražnega sporazuma.

Dvakrat opozorjen, a ne molči
Rupel je uslužbenec MZZ, vseeno pa je novembra javno kritiziral delovanje MZZ pod vodstvom Žbogarja. Zato si je že dvakrat prislužil Žbogarjeva opozorila in mnenje, da je imel Rupel še največ časa in moči doslej za ureditev razmer na MZZ in v zunanji politiki. Rupel je te izjave vzel kot napad nase in v intervjuju dejal, da Žbogar napada ljudi, ki "jim dolguje praktično vse". Rupel še dodaja, da je  Žbogar "pomožni igralec v politični igri, ki jo igra politična nomenklatura".

Nova oblast se je odločila iti po poti, ki je bila prekinjena leta 1989 oziroma 1990, je prepričan Rupel, kot zadnji primer tega pa navedel odlikovanje nekdanjega slovenskega republiškega sekretarja za notranje zadeve Tomaža Ertla.