Že na samem začetku vas bo fascinirala arhitektura, ki posrečeno ponazarja uspešno sobivanje narave in človeka. V stavbi ob parkirišču in vhodu sta med drugim tudi trgovinica in bar, kjer lahko spijete kavo in skozi ogromna okna opazujete največje slovensko polslano mokrišče, ki se nahaja na 122 hektarjih. Če bi živela kje blizu, bi se tja pogosto odpeljala le na kavo in opazovala prekrasen rezervat.
Med rastlinami so po njihovih navedbah najbolj znane slanuše, na sol v zraku in tleh prilagojene rastline, ki v Sloveniji poleg Škocjanskega zatoka uspevajo le še v Sečoveljskih in Strunjanskih solinah.
“Sladkovodni del naravnega rezervata se razprostira na Bertoški bonifiki in je nastal z obnovo v letih 2006-07 kot nadomestilo za izgubljena močvirja v okolici Kopra, ki so bila v preteklih desetletjih uničena v urbanizacijskih procesih. Obsega tako vlažne in močvirne travnike kot tudi območja s trstičjem in stalno globoko vodo, ki so pomembna kot gnezdišča in prehranjevališča ptic,” opisujejo.
V živalskem svetu po pestrosti najbolj izstopajo ptice, ki so jih na 122 hektarjev velikem območju v zadnjem desetletju ornitologi opazili 245 vrst, število pa še vedno narašča.
Na DOPPS-u pojasnjujejo, da je to več kot 60 odstotkov v Sloveniji opazovanih ptic, ki so tu svoj dom našle po obnovi naravnega rezervata in njegovem skrbno načrtovanem upravljanju. Poleg stalnih gostov, so ornitologi opazili tudi posebneže, ki so jih imenovali “posebni gostje” in ki niso bili opaženi več kot petkrat. Med njimi so tako denimo opazili čudovite plamece (Phoenicopterus ruber) in celo črne labode, ki jih je sicer v naravo zanesel človek.
Peš s krožne učne poti
Vstop v naravni rezervat je za individualne obiskovalce prost. Za vse skupine z več kot desetimi obiskovalci in za vse šolske skupine je vodenje obvezno. Vodenje skupin poteka po obvezni predhodni najavi in rezervaciji termina, izvaja pa ga upravljavec rezervata za plačilo.
Spoznavanje in doživljanje naravnega rezervata trenutno poteka na Bertoški bonifiki in na območju pod ankaransko vpadnico. Obiskovalci lahko v rezervat vstopite in si ga ogledate peš s krožne učne poti in posebej urejenih opazovališč. Obisk s kolesom ni dovoljen, razen po označeni kolesarski stezi, ki poteka po robu rezervata. Obiskovalci so ob obisku dolžni upoštevati kodeks vedenja v rezervatu, ki je namenjen temu, da je vsak obiskovalec naravnega rezervata prijazen tako naravi kot tudi ostalim obiskovalcem.
Glavni vhod v Naravni rezervat Škocjanski zatok je na Bertoški bonifiki. Hitro cesto Ljubljana-Koper zapustite na odcepu Bertoki/Bertocchi. Iz krožišča se usmerite desno, po bertoški vpadnici proti bazi AMZS/ Luki Koper ter na prvem krožišču zavijete levo v naravni rezervat, ki ga že pred tem vidite na svoji levi strani.