Podzemlje: prebujenje 3D zoperstavlja legendarno vampirsko bojevnico (Kate Beckinsale) z najmogočnejšim nasprotnikom, ko odkrije šokantno skrivnost, ki bo spremenila vse, za kar se je kadarkoli bojevala. Minilo je 15 let, odkar sta Selene in njen ljubimec Michael, hibrid med človekom in likanom, uničila starodavnega vampirja Marcusa v Podzemlju: evolucija. V letih, ki so sledila, je človeštvo odkrilo obstoj tako vampirjev kot likanov in začelo vsesplošno vojno, da bi iztrebili obe vrsti. Selene, ki so jo med genocidom ujeli, se prebudi več kot desetletje pozneje, ujeta v zapečatenem laboratoriju Antigena, vplivni biotehnični korporaciji, ki poskuša najti cepivo zoper viruse, ki so ustvarili vampirje in likane.

Selene se zlomi srce ob odkritju, da je Michael mrtev, vendar njeno žalost kmalu zasenči šok ob odkritju, da je v zamrznjenem stanju rodila njegovo hčerko Eve (India Eisley). Med iskanjem azila zase in svojega otroka se Selene znajde v svetu, v katerem je njeno nekoč ponosno ljudstvo pregnano na rob izumrtja in se v podzemlju skrivajo novi preživeli.

Preostali klani se je izogibajo, zato Selene poišče pomoč mladega vampirja Davida (Theo James), ki se ji pridruži v krvavem maščevanju proti Antigenu, kjer temačne sile kujejo zaroto, da bi uničile njo in njenega otroka. Ob tradicionalnih sovražnikih likanih, ki so ponovno v vzponu, se celo Selene zdi nemočna, ko se sooča z najokrutnejšim nasprotnikom v zgodovini Podzemlja – genetsko izboljšanim uber-likanom.