Roger Federer ima z ženo Mirko štiri otroke - dvojčici in dvojčka. Sedemletni Mylo Rose in Charlene Rivo ter dveletna Lea in Lennarta.

Roger in Mirka sta se spoznala leta 2000 na olimpijskih igrah (tudi Mirka je bila profesionalna teniška igralka), poročila pa sta se leta 2009. Leta 2014, ko sta z ženo pričakovala tretjega in četrtega otroka, je Federer odpovedal nastop na turnirju v Madridu. Ko sta se dečka rodila, je na svoja družbena omrežja napisal: "Z Mirko sva neizmerno srečna ob rojstvu Lea in Lennyja. Ponovno dvojčka, čudež!"